Las funciones de AuditorÃa Interna incluyen las siguientes:
- Planificar, dirigir y organizar la verificación y evaluación de la estructura de control interno.
- Verificar que la estructura de control interno esté formalmente y que su ejercicio sea intrÃnseco al desarrollo de las funciones de todos los cargos y en particular de aquellos que tengan responsabilidad de mando.
- Verificar que los controles definidos para los procesos y actividades de la organización, se cumplan por los responsables de su ejecución y en especial que las áreas o empleados encargados de la aplicación del régimen disciplinario ejerzan adecuadamente esta función.
- Velar por el cumplimiento de las leyes, normas polÃticas, procedimientos, planes, programas, proyectos y metas de la institución y recomendar los ajustes mecánicos.
- Servir de apoyo a la alta dirección, identificando y promoviendo el mejoramiento de los puntos débiles de la estructura de control interno, de tal manera que produzca información confiable y oportuna
- . Verificar los procesos relacionados con el manejo de los recursos, bienes y los sistemas de información de la entidad y recomendar los correctivos necesarios.
-  Fomentar en toda la organización la formación de una cultura de control que contribuya al mejoramiento continuo en el cumplimiento de la misión institucional.
- Mantener permanentemente informado al titular de la Institución acerca de los resultados de la evaluación de la estructura de control interno  dando cuenta de las debilidades detectadas y de las sugerencias para su fortalecimiento.
- Verificar que se implanten las recomendaciones presentadas por la ContralorÃa General de la República y por las propias unidades de auditorÃa interna.
- Los demás que le asigne el Jefe de la Entidad de acuerdo con el carácter de sus funciones.